Her er hvorfor:
* alkaliske løsninger Denature DNA: Høje pH-opløsninger (alkalisk) bryder brintbindingerne, der holder de to DNA-tråde sammen, hvilket fører til enkeltstrenget DNA. Selvom dette kan virke nyttigt til hybridisering, ville det også denaturere de sonder, der bruges i processen, hvilket gør dem ineffektive.
* Hybridisering er afhængig af enkeltstrenget DNA: Hybridisering forekommer mellem komplementære enkeltstrengede DNA-molekyler . Imidlertid skal denatureringsprocessen kontrolleres omhyggeligt.
Sådan fungerer processen typisk:
1. DNA denatureres: DNA opvarmes til en høj temperatur (typisk omkring 95 ° C) for at bryde brintbindingerne og adskille trådene.
2. hybridisering: Det denaturerede DNA (mål -DNA) afkøles derefter langsomt, hvilket tillader komplementære strenge af sonder at anneal (hybridisere) til målsekvenserne.
3. alkalisk behandling (valgfrit): * Efter* hybridisering bruger nogle protokoller en mild alkalisk opløsning til at fjerne ubundne sonder.
Derfor bruges alkalisk behandling ikke før hybridisering, men kan bruges i visse trin efter hybridisering til vask og fjernelse af ubundne sonder.