Mens skaldede ørne er kendt for at have forskellige diæter, er der ingen beviser, der understøtter, at de i væsentlig grad jager præriehunde i Great Plains eller nogen anden region. Skaldede ørne lever primært af fisk, vandfugle og andre akvatiske byttedyr, og deres kostsammensætning varierer baseret på levesteder og tilgængelige føderessourcer. Mens skaldede ørne lejlighedsvis spiser små pattedyr, såsom gnavere, som opportunistiske fodre, er præriehunde typisk ikke en del af deres almindelige kost eller en primær fødekilde.