1. Nitrogenfiksering: Visse bakterier og archaea, såsom rhizobia og Frankia, har evnen til at omdanne atmosfærisk nitrogen til ammoniak gennem en proces kaldet nitrogenfiksering. Disse mikrober etablerer symbiotiske forhold med rødderne af bælgfrugter og andre planter, og danner rodknuder, hvor nitrogenfiksering finder sted. Det fikserede nitrogen stilles derefter til rådighed for planten til dens vækst og udvikling.
2. Phosphoropløselighed: Mikroorganismer som fosfatopløseliggørende bakterier (PSB) og svampe kan frigive fosfor fra uopløselige former i jorden, hvilket gør det mere tilgængeligt for planter. Disse mikrober udskiller organiske syrer, enzymer og protoner, der nedbryder komplekse fosforforbindelser og omdanner dem til former, der let kan optages af planterødder.
3. Mykorrhizaforeninger: Mykorrhizasvampe danner symbiotiske relationer med rødderne af de fleste planter, og etablerer mykorrhizaassociationer. Disse svampe udvider deres hyfer uden for rækkevidde af plantens rødder, hvilket effektivt øger det tilgængelige overfladeareal til næringsstof- og vandoptagelse. Til gengæld forsyner planten mykorrhizasvampen med kulhydrater og andre næringsstoffer syntetiseret gennem fotosyntese.
4. Rhizosfæreeffekt: Rhizosfæren er den jordregion, der er direkte påvirket af planterødder. Her trives forskellige gavnlige mikrober på grund af frigivelsen af rodeksudater, som indeholder en rig kilde til næringsstoffer og energi. Disse mikroorganismer engagerer sig i næringsstofkredsløb, nedbrydning af organisk stof, produktion af vækstfremmende stoffer og undertrykkelse af skadelige patogener. Rhizosfærens interaktioner fremmer plantevækst og jordens sundhed.
5. Sygdomsundertrykkelse: Nyttige mikrober kan beskytte planter mod sygdomme forårsaget af patogene mikroorganismer. De kan gøre dette ved at konkurrere med patogener om næringsstoffer og plads, producere antimikrobielle forbindelser, stimulere plantens forsvarssystem eller inducere systemisk resistens. For eksempel kan visse stammer af bakterier og svampe undertrykke jordbårne sygdomme som Fusarium-visne og Rhizoctonia solani.
6. Phytoremediering: Nogle mikroorganismer hjælper planter med at fjerne forurenende stoffer og forurenende stoffer fra jord og vand. Planter kan absorbere og akkumulere tungmetaller, organiske forurenende stoffer og radioaktive elementer fra miljøet, mens associerede mikrober letter deres afgiftning, nedbrydning eller immobilisering i plantevævet.
7. Stresstolerance: Gavnlige mikrober kan øge planternes tolerance over for miljøbelastninger såsom tørke, saltholdighed og temperaturudsving. De kan producere hormoner, kompatible opløste stoffer eller andre stoffer, der hjælper planter med at tilpasse sig og overleve under ugunstige forhold.