En sådan forsvarsmekanisme er kendt som CRISPR-Cas-systemet, der findes i bakterier og arkæer. Dette bemærkelsesværdige værktøj fungerer som et molekylært skjold, der scanner det invaderende virale DNA for specifikke sekvenser kendt som protospacere. Ved påvisning af en matchende protospacer frigiver CRISPR-Cas-systemet sine præcisionsvåben:RNA-styrede endonukleaser. Disse molekylære snigmordere skærer og skærer virus-DNA'et, neutraliserer effektivt truslen og beskytter værten mod det gigantiske viruss kløer.
En anden forsvarslinje ligger inden for cellulær immunitet. Nogle celler, såsom makrofager og naturlige dræberceller, har evnen til at identificere og opsluge vira, herunder gigantiske vira. Når de først er internaliseret, står viraerne over for deres død, da cellerne slipper deres destruktive arsenal af enzymer og reaktive molekyler løs og skiller den virale trussel ad og eliminerer dem.
Derudover er virusverdenen fyldt med konkurrence, og gigantiske vira er ingen undtagelse. Mindre vira, kendt som satellitvirus, udnytter ofte gigantiske vira som værter selv. Disse satellitvira udnytter de gigantiske virussers replikationsmaskineri og ressourcer til at udbrede deres egen eksistens og forhindrer uforvarende replikationen af de gigantiske vira i processen.
Ud over den biologiske krigsførelse står gigantiske vira også over for miljømæssige udfordringer. Barske forhold som ekstreme temperaturer, pH-niveauer og mangel på næringsstoffer kan hæmme deres overlevelse og replikation, hvilket begrænser deres evne til at trives i forskellige økosystemer.
Sammenfattende inkluderer naturens arsenal mod gigantiske vira CRISPR-Cas-systemet, cellulær immunitet, konkurrence fra satellitvira og miljøbelastninger. Disse forsvarsmekanismer tjener tilsammen til at begrænse dominansen af gigantiske vira og opretholde den delikate balance i den mikroskopiske verden.