Videnskab
 science >> Videnskab >  >> Andet

DNA ekstraheret i museumsprøver kan afsløre genetiske hemmeligheder

Protokollen begynder med Vortex Fluidic Device (VFD) behandling af en blanding af proteinase K og den frosne, derefter opbrudt væv. Reaktionsblandingen behandles derefter for at fjerne faste stoffer og DNA-polymerase-inhibitorer. Det genvundne DNA oprenses og koncentreres derefter. Endelig, DNA'et amplificeres, kvantificeret, og karakteriseret ved (B) qPCR og (C) DNA-sekventering af prøverne. Kredit:PLOS ONE

DNA i bevarede museumseksemplarer kan give forskere mulighed for at udforske historien om arter og humaniora påvirkning af økosystemet, men prøver er typisk bevaret i formaldehyd, som kan beskadige DNA og gøre det meget vanskeligt at genoprette.

Forskere har brugt en vortex fluidic device (VFD) til at fremskynde DNA-ekstraktion fra en amerikansk hummer konserveret i formaldehyd - med resultaterne, der giver en køreplan for at udforske DNA fra millioner af værdifulde og endda uddøde arter på museer over hele verden.

Flinders PHD-kandidat Jessica Phillips siger, at behandling af det konserverede væv fra museumsprøver i VFD bryder proteiner fra hinanden, frigivelse af DNA, som tilbyder vigtig historisk genetisk information.

"DNA-ekstraktion opnås ved at behandle det konserverede væv i en enzymopløsning i VFD. Dette enzym bryder proteinerne fra hinanden, frigivelse af DNA'et, som kan analyseres. Ved at bruge VFD er vi i stand til at accelerere denne proces fra dage til timer, " siger fru Phillips.

"I 150 år har disse prøver været bevaret i formaldehyd, som kan beskadige DNA'et og også gøre DNA'et svært at genvinde. Vi brugte mekanisk energi i en vortex fluidic device (VFD) til at accelerere ekstraktionen ved at behandle det konserverede væv i en enzymopløsning i VFD."

Dette arbejde er et samarbejde mellem University of California, Irvine (UCI), Institut for Organismisk og Evolutionær Biologi ved Harvard University, og Flinders University.

Jessica Phillips med Vortex Fluidic Device på Flinders University. Kredit:Flinders University

Forskere siger, at resultaterne giver en køreplan for at udforske DNA fra millioner af historiske og endda uddøde arter på museer over hele verden.

Forskningsformand for forskning i ren teknologi Professor Colin Raston siger, at arbejdet bygger på kroppen af ​​omkring 80 artikler, som hans forskergruppe har offentliggjort om vortex-fluidiske anordning.

"Anvendelser af VFD udvides hurtigt, men dette har muligvis kun været ved internt samarbejde. Ansøgningen om DNA-ekstraktion involverede samarbejde med to andre forskningslaboratorier ledet af professor Greg Weiss ved UCI og professor Peter Girguis ved Harvard."

"Vi har kun ridset overfladen om, hvad der er muligt for denne enhed, " siger professor Raston."


Varme artikler