1. Højere opløsning: Elektronmikroskoper bruger en stråle af elektroner i stedet for lys til at forstørre objekter, hvilket giver dem mulighed for at opnå væsentlig højere opløsning. Det betyder, at elektronmikroskoper kan afsløre meget mindre detaljer og strukturer end lysmikroskoper.
2. Større dybdeskarphed: Elektronmikroskoper har en større dybdeskarphed end lysmikroskoper, hvilket betyder, at de kan producere billeder, hvor en større del af prøven er i fokus. Dette gør det lettere at observere tredimensionelle strukturer og at studere tykke prøver.
3. Evne til at undersøge interne strukturer: Elektronmikroskoper kan bruges til at undersøge de indre strukturer af celler og organeller meget mere detaljeret end lysmikroskoper. Dette skyldes, at elektroner kan trænge dybere ind i materialer end lysbølger.
4. Kemisk analyse: Elektronmikroskoper kan udstyres med detektorer, der muliggør kemisk analyse af prøver. Denne evne kan give information om grundstofsammensætningen af en prøve og fordelingen af forskellige elementer i den.
5. Alsidighed: Elektronmikroskoper kan bruges til at studere en bred vifte af prøver, herunder biologiske prøver, materialer og mineraler. De er også kompatible med en række prøveforberedelsesteknikker, hvilket gør dem meget alsidige værktøjer til videnskabelig forskning.