Elektronmikroskoper bruger ikke en lysstråle til at producere forstørrede billeder. I stedet bruger de en stråle af elektroner, som er meget mindre end lysbølger, til at skabe billeder med meget højere opløsning og forstørrelse end optiske mikroskoper. Billederne produceret af elektronmikroskoper er ikke synlige for det menneskelige øje og skal ses på en skærm eller printes ud.