DropSynth, en one-pot tilgang til gensyntese

Et team af forskere ved University of California har fundet en måde at syntetisere flere gener fra en gruppe af mikroarray-genererede oligonukleotider. I deres papir offentliggjort i tidsskriftet Videnskab , gruppen beskriver deres teknik, kaldet DropSynth, hvor godt det virker, og dens ulemper.

Syntetisering af gener er blevet så populært, at der nu er virksomheder, der lever af det, men det er stadig et dyrt forslag – de nuværende metoder kræver, at man syr små tråde i sekvenser én ad gangen, efter at de er blevet oprettet. I denne nye indsats, forskerne rapporterer om en one-pot-tilgang til gensyntese, der kan føre til lavere omkostninger.

I øjeblikket, gensyntese udføres ved hjælp af et mikroarray, producerer DNA-oligonukleotider, som så skal syes sammen – holdet på UoC startede også med et mikroarray, men de gav først oligonukleotiderne en identificerende længde af gensekvens, som de beskriver som en "stregkode". Næste, de tilføjede mikroperler med gratis stregkoder, der kunne trække matchende oligonukleotider fra en pulje af forskellige slags oligonukleotider. Resultatet var en pulje af mikroperler, som hver havde en lille gruppe af vedhæftede samme-type oligonukleotider. Holdet omsluttede derefter hver af mikroperlerne (og dens gruppe af oligonukleotider) i en emulsionsdråbe ved at bruge, hvad de beskriver som en oligonukleotid- og olieblandingshvirvel - i 30 sekunder. Efter det, enzymer inducerede alle oligonukleotiderne i en enkelt dråbe til at smelte sammen (via polymerase-cyklussamling), resulterer i en ønsket rækkefølge. Sekvenserne blev derefter fjernet fra emulsionen klar til brug.

Processen er bedre end konventionelle metoder, holdet foreslår, fordi det giver adgang til en genpulje til stort set samme pris som en oligonukleotidpulje - det tilføjer ikke meget. Desværre, der er en ret stor ulempe. Processen, de bemærker, er "rodet, " fordi det kun er cirka 5 procent effektivt - ikke nær godt nok til brug i fremstillingsprocesser. På en mere positiv bemærkning, metoden kunne bruges til at skabe store biblioteker af gener til forskellige formål, til meget små omkostninger. Det kan også bruges i forskningsindsats, især dem, der er involveret i proteindesign.

© 2018 Phys.org