Hvordan man dyrker et evolutionært træ

Samle data :Indsaml DNA- eller proteinsekvensdata fra en forskelligartet gruppe af organismer, inklusive organismerne af interesse og nogle udgrupper til sammenligning.

Multiple Sequence Alignment :Juster sekvenserne for at skabe en multipel sekvensjustering. Denne justering bør overveje rækkefølgen og ligheden af ​​nukleotider eller aminosyrer.

Vælg en træbygningsmetode: Vælg en fylogenetisk træbygningsmetode, såsom Maximum Likelihood, Neighbor-Joining eller Bayesiansk inferens. Hver metode bruger forskellige algoritmer og statistiske tilgange til at beregne evolutionære sammenhænge.

Konstruer træet :Brug den valgte metode til at konstruere det evolutionære træ. Outputtet vil normalt være et diagram eller kladogram, der repræsenterer forgreningsmønstrene og evolutionære forhold mellem de undersøgte organismer.

Bootstrap-analyse (valgfrit) :Udfør bootstrapping for at vurdere den statistiske støtte for forgreningsmønstrene i træet. Bootstrap-analyse omsampler gentagne gange dataene for at skabe flere træer, hvilket giver statistiske konfidensværdier (dvs. bootstrap-værdier) for hver gren.

Root træet :Identificer og angiv roden af ​​træet. Dette er typisk en forfædres knude eller en udgruppe, der repræsenterer den seneste fælles forfader af alle organismerne i træet.

Fortolk træet :Analyser forgreningsmønstrene og længderne for at udlede evolutionære forhold, divergenstider og potentielle fælles forfædre. Identificer klader (grupper af organismer, der deler en fælles forfader) og den undersøgte arts evolutionære historie.

Juster træet (valgfrit) :Hvis yderligere data bliver tilgængelige, eller der bruges forskellige parametre, kan træet forfines eller opdateres for at forbedre dets nøjagtighed og opløsning.