PfEMP1 er et stort, komplekst protein med en molekylvægt på ca. 200 kDa. Den er sammensat af flere domæner, hver med en bestemt funktion. Det N-terminale domæne af PfEMP1 binder til receptorer på overfladen af endotelceller, mens det C-terminale domæne interagerer med andre PfEMP1-molekyler for at danne multimere komplekser. Disse komplekser danner knoplignende fremspring på overfladen af inficerede røde blodlegemer, som letter deres adhæsion til endotelet.
Ekspressionen af PfEMP1 reguleres af en række faktorer, herunder parasittens genetiske sammensætning, værtens immunrespons og de miljømæssige forhold. PfEMP1 kan gennemgå antigen variation, hvilket betyder, at parasitten kan udtrykke forskellige varianter af proteinet over tid. Dette gør det muligt for parasitten at undvige værtens immunsystem og etablere kroniske infektioner.
PfEMP1 er et nøglemål for antimalariamedicin og vacciner. Ved at hæmme ekspressionen af PfEMP1 eller ved at blokere dets interaktion med endotelceller er det muligt at forhindre udviklingen af malariasymptomer. Udviklingen af effektive antimalarialægemidler og vacciner er imidlertid udfordrende på grund af kompleksiteten og den antigene variation af PfEMP1.