Mens fækal mikrobiotatransplantation (FMT) har vist sig lovende som en behandling for visse tilstande, såsom tilbagevendende Clostridium difficile-infektion, er det vigtigt at nærme sig det med forsigtighed og kun under lægeligt tilsyn. FMT involverer overførsel af tarmbakterier fra en sund donor til en modtagers mave-tarmkanal med det formål at genoprette mikrobiel balance. I forbindelse med vægttab er tarmbakteriers rolle kompleks og endnu ikke fuldt ud forstået. Mens visse tarmbakterier er blevet forbundet med fedme, er det en oversimplifikation at antage, at blot at overføre "gode" bakterier fra en mager donor vil føre til vægttab hos en overvægtig person. Adskillige andre faktorer, herunder genetik, kost, livsstil og generel sundhed, spiller en væsentlig rolle i vægtstyring. FMT er en specialiseret procedure, der kræver omhyggelig patientudvælgelse, donorscreening og medicinsk overvågning. Det bør ikke forfølges som en gør-det-selv-løsning til vægttab uden ordentlig lægekonsultation og vejledning. Det er vigtigt at konsultere en sundhedsperson for at vurdere individuelle behov og bestemme passende vægttabsstrategier.