Mycobacterium tuberculosis, som alle bakterier, anvender proteolyse til at nedbryde unødvendige, forkert foldede og beskadigede proteiner og peptider til grundlæggende molekylære byggesten - aminosyrer. Der er to essentielle proteolytiske systemer (kendt som ATP-afhængige proteaser):ClpP-protease og Lon-protease. Hver spiller en vigtig og velkarakteriseret rolle i bakteriel proteinkvalitetskontrol og virulenskontrol i M. tuberculosis.