Instrumentet, der bruges til at studere celler, kaldes et mikroskop. Mikroskoper bruges til at forstørre små objekter, hvilket gør det muligt for forskere at observere cellernes struktur og funktion. Der findes mange forskellige typer mikroskoper, hver med sine egne fordele og ulemper. Den mest almindelige type mikroskop er det optiske mikroskop, som bruger synligt lys til at forstørre objekter. Optiske mikroskoper kan forstørre objekter op til 1.000 gange. En anden type mikroskop er elektronmikroskopet, som bruger en stråle af elektroner til at forstørre objekter. Elektronmikroskoper kan forstørre objekter op til 1 million gange.