Virus: Virus er naturlige vektorer, der kan overføre DNA mellem forskellige organismer. Nogle vira, såsom bakteriofager, kan inficere bakterier og indsætte deres eget DNA i bakteriegenomet. Andre vira, såsom retrovira, kan indsætte deres DNA i genomet af eukaryote celler.
Plasmider: Plasmider er små, cirkulære DNA-molekyler, der kan replikere uafhængigt af kromosomalt DNA. Plasmider kan konstrueres til at bære fremmed DNA og kan overføres mellem bakterier gennem en proces kaldet konjugation.
Kosmider: Kosmider er store plasmider, der kan bære større DNA-fragmenter end plasmider. Cosmider kan bruges til at klone DNA-fragmenter op til 40 kilobaser i størrelse.
Bakterielle kunstige kromosomer (BAC'er): BAC'er er store, cirkulære DNA-molekyler, der kan bære DNA-fragmenter på op til 300 kilobaser i størrelse. BAC'er bruges til at klone store DNA-fragmenter, der ikke kan klones i plasmider eller cosmider.
Gær kunstige kromosomer (YAC'er): YAC'er er store, cirkulære DNA-molekyler, der kan bære DNA-fragmenter på op til 1 megabase i størrelse. YAC'er bruges til at klone meget store DNA-fragmenter, som ikke kan klones i BAC'er.