Et mikroskops funktionsbase er den del, der rummer mikroskopets kontroller og giver stabilitet til mikroskopet. Funktionsbasen inkluderer typisk en strømafbryder, intensitetskontrol og fokusknapper. Det kan også omfatte en scene, som er en platform, hvor prøven er placeret, og en kondensator, som er en linse, der fokuserer lys på prøven. Funktionsbasen har typisk en tung, stabil base, der forhindrer den i at bevæge sig, når mikroskopet er i brug.