Cisgenese tilbyder flere potentielle fordele i forhold til traditionel transgenese. For eksempel kan det reducere risikoen for utilsigtede genetiske ændringer, da det indsatte gen er mere tilbøjeligt til at være kompatibelt med modtagerorganismens genom. Derudover kan cisgenese give mulighed for mere præcis kontrol over ekspressionen af det indsatte gen, da de regulatoriske elementer, der styrer genets ekspression, lettere kan identificeres og manipuleres.
Cisgenesis er blevet brugt til at skabe en række GM-afgrøder med forbedrede egenskaber, såsom modstand mod skadedyr og sygdomme, øget ernæringsværdi og øget tolerance over for miljøbelastninger. For eksempel er cisgene tomater blevet konstrueret til at producere høje niveauer af lycopen, et carotenoid med antioxidantegenskaber, der har været forbundet med en reduceret risiko for visse typer kræft. Cisgene ris er også blevet udviklet med øget resistens over for blast-svampen, en stor rissygdom, der forårsager betydelige afgrødetab på verdensplan.
Mens cisgenese tilbyder flere potentielle fordele i forhold til traditionel transgenese, er det stadig en relativt ny teknik, og der er stadig nogle bekymringer, der skal løses. Det er fx vigtigt at sikre, at de indsatte gener ikke ved et uheld overføres til andre organismer i miljøet, og at de modificerede organismer ikke har utilsigtede negative effekter på menneskers sundhed eller miljøet.
Overordnet set er cisgenese en lovende teknik, der har potentialet til at forbedre afgrødeudbyttet og ernæringsværdien og reducere landbrugets miljøpåvirkning. Der er dog behov for yderligere forskning for at imødegå eventuelle potentielle problemer og sikre sikker og ansvarlig brug af denne teknologi.