Det var dog Charles Darwin der udviklede evolutionsteorien ved naturlig udvælgelse. Mens Darwin ikke brugte den nøjagtige sætning "overlevelse af de smukkeste", er hans teori grundlæggende baseret på ideen om, at personer med træk, der er bedre egnet til deres miljø, er mere tilbøjelige til at overleve og gengive, idet de videregiver disse fordelagtige træk til deres afkom.
Så mens Spencer populariserede udtrykket, er Darwins teori om naturlig udvælgelse grundlaget for begrebet overlevelse af de smukkeste.