CC-modulstruktur og CCPO-nomenklatur. (a) Coiled-coils (CC) er defineret af en regulær gentagende enhed på syv aminosyrerester, mærket a, b, c, d, e, f, eller g (en heptad gentagelse). Interaktionsspecificitet er kodet af hydrofobe interaktioner ved position a og d (gule stiplede linjer) og elektrostatiske interaktioner mellem positioner e og g (røde stiplede linjer). DNA-komplementaritetsregler er forholdsvis enkle, da kun fire bygningselementer er til stede. (b) CC-dimerer kan parres i en parallel eller antiparallel orientering. Positionerne a og d er vist som kugler. B-strengs DNA kan kun parres i en antiparallel orientering. (c) Et eksempelnavn (TET12 1.10 SN-f 5 ) vises i midten af panelet. De fulde navne på polyedrene er defineret af typen af polyeder (TET =tetrahedron; PYR =pyramide; TRIP =trigonalt prisme) efterfulgt af antallet af CC-segmenter (vist med blåt). Underskriften (i orange) angiver topologien og den cirkulære permutation af hvert polyeder, dvs. den dobbelte Euleriske vej, som polypeptidkæden laver over polyederet. De næste etiketter (grøn) angiver typen af anvendte CC-moduler (S =opløselig; SN =opløselig, negativt ladet), linkertype (f =fleksibel; c =ladet), og, i abonnentform (rød), længden af linkeren. I tilfælde, hvor to varianter har samme navn (f.eks. forskellig bestilling af CC-moduler), bogstaverne b, c, d, og så videre er vedhæftet. De mest omfattende karakteriserede polyedre omtales med kortere navne:TET12SN (TET12 1.10 SN-f5), TET12S (TET12 1.10 S-f 5 ), TET12 SScr (TET12ScrS-f5), PYR16SN (PYR16 4.6 SN-f 5 ), og TRIP18SN (TRIP187.5RSN-f5). Kredit: Natur bioteknologi (2017). DOI:10.1038/nbt.3994
(Phys.org) – Et stort team af forskere med medlemmer fra Slovenien, England, Serbien, Frankrig og Spanien har udviklet en teknik, der får proteiner til selv at samle sig til geometriske former efter behov. I deres papir offentliggjort i tidsskriftet Natur bioteknologi, gruppen beskriver deres teknik og mulige anvendelser for de bittesmå bure.
I de seneste år, videnskabsmænd har manipuleret DNA-strenge for at få dem til at binde sig sammen til nyttige former (DNA-origami). I denne nye indsats, forskerne har gjort noget lignende ved at bruge proteiner i stedet for. De i feltet mener, at sådanne objekter kunne være nyttige til applikationer som at bygge pakker til levering af lægemidler til målrettede steder i den menneskelige krop.
For at få proteinerne til at samle sig selv, forskerne snoede dobbeltstrenge af aminosyresektioner (coiled coils) til aminosyrestrenge, der blev anbragt i afskårne sektioner af naturligt forekommende proteinstrenge. Forskerne beskriver de oprullede spoler som ligner garnsegmenter. De sektioner, der blev indført i kæden, blev valgt specifikt, fordi tidligere test havde vist, at de ville bøje sig på den ønskede måde, når de blev udsat for faktorer som elektricitet eller vand. Resultatet var en enkelt streng med bøjninger, der fik den samlede streng til at tage form af et geometrisk objekt. Holdet rapporterer, at de var i stand til at skabe tetraeder, firesidede pyramider og trekantede prismer. Afprøvning af strukturerne viste, at de var opløselige i vandige opløsninger, og at de kunne tage deres former både inden i og uden for celler. Holdet viste også, at strukturerne kunne dannes og muligvis bruges i levende mus.
Forskerne bemærker, at parametre som ladningen af de oprullede spoler og hætten, der dannes ved deres ender, kan justeres for at skabe forskellige former og til at diktere de betingelser, under hvilke proteinerne samler sig selv. De rapporterer endvidere, at det var muligt at skabe en værktøjskasse med byggeklodser til strukturerne, giver mulighed for større, mere komplekse strukturer fra grundformerne. De foreslår, at sådanne konstruktioner kan bruges til at bære lægemidler eller vaccinationer gennem kroppen eller til at skabe andre strukturer, der inkorporerer aminosyrefunktionalitet.
© 2017 Phys.org
Sidste artikelBetydningen af asymmetri i bakterier
Næste artikelUventet fund i cellens kraftværk