I stedet kan individuelle arter af eubakterier have forskellige typer symbiotiske forhold:
* gensidighed: Både bakterien og værtsfordelen. For eksempel giver nitrogenfikserende bakterier i planteødder nitrogen til planten, mens planten tilvejebringer et habitat og næringsstoffer til bakterierne.
* Kommensalisme: Den ene organisme drager fordel af, mens den anden hverken er skadet eller hjulpet. For eksempel lever nogle bakterier på vores hud uden at forårsage skade eller give nogen særlig fordel for os.
* Parasitisme: Den ene organisme drager fordel af den anden. For eksempel forårsager patogene bakterier sygdomme i deres værter.
Derfor, for at bestemme den type symbiotiske forhold, som en bestemt eubacterium har, er vi nødt til at overveje den bestemte art og dens interaktion med dens værtsorganisme.