I 1665 udgav han sine observationer i sin bog "Micrographia", hvor han beskrev strukturen af Cork som bestående af små rum, han kaldte "celler", fordi de mindede ham om cellerne i et kloster. Mens han ikke var den første person, der brugte et mikroskop, var hans detaljerede observationer og publikation afgørende for at etablere grundlaget for studiet af celler.