Der er dog beviser, der antyder, at eukaryoter kan have udviklet sig endnu tidligere, muligvis omkring 3.5 BYA . Dette bevis kommer fra:
* Biomarkøranalyse: Specifikke molekyler, der findes i gamle klipper, antyder tilstedeværelsen af eukaryotiske lignende organismer allerede før de første fossile beviser.
* genetisk analyse: Sammenligninger af genetisk materiale mellem forskellige organismer indikerer en meget ældre oprindelse for eukaryoter.
Derfor, mens den første konkrete fossile bevis for eukaryote celler stammer tilbage til 2.7 BYA , deres oprindelse kan være meget tidligere, sandsynligvis mellem 3.5 og 2,7 BYA .