Her er hvad Sutton opdagede om forholdet mellem alleler og kromosomer:
* kromosomer opfører sig på en måde, der spejler allelernes opførsel: Han observerede, at kromosomer parrede sig under meiose og derefter adskilles i gameter (sædceller). Han bemærkede også, at antallet af kromosomer i en gamet er halvdelen af antallet, der findes i en normal celle. Dette spejler opførelsen af alleler, der også findes i par og adskiller sig under dannelse af gamet.
* Alleler bor på kromosomer: Sutton foreslog, at det fysiske grundlag for Mendels "faktorer" (som vi nu kender som gener) var placeret på kromosomer. Han observerede, at kromosomer adskiller sig uafhængigt af hinanden under meiose, ligesom alleler gør i henhold til Mendels lov om uafhængigt sortiment.
Sammenfattende hjalp Suttons arbejde med at etablere den grundlæggende forbindelse mellem gener, kromosomer og arv. Hans opdagelser banede vejen for at forstå, hvordan træk overføres fra en generation til den næste.