* prokaryotisk: Både bakterier og archaea er prokaryoter, hvilket betyder, at de mangler en kerne og andre membranbundne organeller.
* Unicellular: Begge er enkeltcellede organismer.
* Lignende størrelse og form: De deler ofte lignende størrelser og former, hvilket gør det vanskeligt at skelne dem udelukkende baseret på udseende.
* reproducerer aseksuelt: Begge gengiver primært gennem aseksuelle processer som binær fission.
* fundet i forskellige miljøer: Både bakterier og archaea findes i en lang række miljøer, herunder ekstreme forhold som varme kilder, saltsøer og dybhavsventiler.
* essentiel for økosystemer: Begge spiller afgørende roller i næringsstofcykling og vedligeholdelse af sunde økosystemer.
* Cellevægsammensætning: Bakterier har peptidoglycan i deres cellevægge, mens Archaea ikke gør det.
* membranlipidstruktur: Lipidsammensætningen af deres cellemembraner adskiller sig markant. Bakterier har esterbundne fedtsyrer, mens Archaea har etherbundne isoprenoider.
* genekspression: Mekanismerne til genekspression, inklusive transkription og translation, ligner mere eukaryoter i archaea end i bakterier.
* Metabolisme: Archaea har unikke metaboliske veje, der ikke findes i bakterier, herunder evnen til at bruge metan som en energikilde.
* Følsomhed over for antibiotika: Antibiotika, der er målrettet mod bakteriecellevægge, er ineffektive mod Archaea på grund af deres forskellige cellevægsammensætning.
* fylogenetiske forhold: På trods af at de deler nogle ligheder, er Archaea mere beslægtet med eukaryoter end bakterier, som det fremgår af fylogenetiske undersøgelser.
Bakterier og archaea er begge prokaryotiske, enkeltcellede organismer med lignende optrædener. De adskiller sig imidlertid i centrale aspekter såsom cellevægsammensætning, membranlipidstruktur, genetisk maskiner og metaboliske evner. Disse forskelle fremhæver deres forskellige evolutionære stier og understreger den enorme mangfoldighed af liv på jorden.