* Mikroskopisk natur: Archaea og bakterier er enkeltcellede organismer, usynlige for det blotte øje. Mikroskoper var ikke avanceret nok i Linnés tid til at observere og differentiere disse små livsformer.
* Ligheder: Bakterier og archaea deler nogle overfladiske ligheder i deres morfologi (form og struktur). Linné grupperede alle enkeltcellede organismer, han observerede under kongeriget "Animalcule" (senere omdøbt "Monera").
* begrænset forståelse af biokemi: De grundlæggende forskelle mellem archaea og bakterier, især deres biokemi og genetik, blev ikke opdaget før meget senere. De forskellige evolutionære stier og unikke biokemiske træk ved archaea var ikke kendt for Linné.
Kortfattet: Linnés system var baseret på den makroskopiske verden, han kunne observere direkte. Opdagelsen og forståelsen af mikroorganismer som archaea og bakterier var kun mulig med udviklingen af avancerede mikroskoper og biokemiske teknikker, længe efter Linnés tid.