Forskere designer ny metabolisk teknologi for at åbne videnskabelige data for alle

Patienter ønsker at se deres medicinske oplysninger. Forskere vil gerne dele deres data.

Nu, forskere ved Scripps Research har frigivet en ny teknologi designet til at gøre disse målinger nemmere at udføre og mere tilgængelige for praktiserende læger, videnskabsmænd og den brede offentlighed.

"Dette handler i virkeligheden om datadeling og fremskyndelse af opdagelsesprocessen, " siger Gary Siuzdak, Ph.D., professor ved Scripps Research og co-korresponderende forfatter af den nye XCMS/METLIN åbne dataanalyseplatform, udgivet for nylig i Naturens metoder .

XCMS-MRM og METLIN-MRM repræsenterer en cloud-baseret analyseplatform, der gør det muligt for forskere at kvantificere molekyler fra biologiske prøver og gøre deres resultater offentligt tilgængelige.

"Når vi siger 'offentligt tilgængelig, 'vi mener det. Enhver med en computer ville have adgang, " siger Siuzdak.

Instrueret af Siuzdak, Center for Metabolomics and Mass Spectrometry ved Scripps Research har specialiseret sig i at bruge en teknik kaldet massespektrometri til at identificere og kvantificere små molekyler, uanset om de er lægemidler eller naturligt forekommende metabolitter. Metabolitter er kritiske, da de interagerer med alle niveauer af en persons fysiologi:genomet, transkriptomet og proteomet. Man kan sige, at metabolitter er mestermanipulatorer af fysiologi og afspejler et individs sundhedssignatur.

Titusindvis af laboratorier rundt om i verden genererer data ved hjælp af massespektrometri, så platformen kan også være nyttig uden for medicin, siger undersøgelsens første forfattere Xavier Domingo-Almenara, Ph.D., og J. Rafael Montenegro-Burke, Ph.D., af Scripps Research. Ethvert felt, der bruger massespektrometri, kan drage fordel af disse nye ressourcer, såsom miljøvidenskab, lægemidler, retsmedicin, fødevarekontrol og sportsmedicin, tilføjer de.

Siuzdak og hans kolleger har længe haft som mål at holde deres forskningsværktøjer frie og åbne for offentligheden. Paul Benton, Ph.D., bioinformatik-analytiker ved Scripps Research og medkorresponderende forfatter til undersøgelsen, forklarer, at hosting af deres platform i skyen giver alle mulighed for, fra samarbejdspartnere til patienter, for at kontrollere gyldigheden af ​​massespektrometriresultaterne. "I en tid, hvor videnskabelige resultater konstant bliver sat spørgsmålstegn ved, åbne data er blevet en væsentlig del af opdagelsesprocessen, " siger Benton.

Ideen om åben datadeling er slået igennem i de senere år. Siden lanceringen i 2004, XCMS/METLIN platformen er vokset til over 25, 000 brugere, og molekylerne i dets datalager er steget fra 14, 000 til 150, 000 bare det sidste år, dels takket være et samarbejde med Calibr, en afdeling af Scripps Research.

De nye ressourcer drager fordel af gennembrud, der lader forskere fremskynde forskningen – og øge præcisionen – ved at identificere nøglefragmenterne af et molekyle, der adskiller det.

"Der er intet andet i nærheden af ​​dette, " siger Siuzdak.

Studiet, "XCMS-MRM og METLIN-MRM:et skybibliotek og offentlig ressource til målrettet analyse af små molekyler, " inkluderede yderligere forfattere fra University of Lausanne; Lausanne University Hospital, Genève Universitetshospitaler; Umeå Universitet og Imperial College London.