Årsagen til denne forskel er ikke helt forstået, men flere faktorer menes at være involveret.
En mulighed er, at ændringer i havcirkulationen får mere CO2 til at blive optaget af havet under istider. Når havet er koldt, kan det indeholde mere opløst CO2. Efterhånden som jordens klima opvarmes, og havene bliver varmere, frigiver de noget af denne oplagrede CO2, hvilket fører til højere atmosfæriske CO2-niveauer.
En anden mulighed er, at ændringer i plantevæksten fører til lavere CO2-niveauer under istider. Planter absorberer CO2 fra atmosfæren, mens de vokser, og de lagrer dette kulstof i deres blade, stængler og rødder. Når planter dør, frigives dette kulstof tilbage til atmosfæren. Under istider er plantevæksten langsommere, og mere kulstof lagres i planterne, hvilket fører til lavere atmosfæriske CO2-niveauer.
Ændringer i mængden af støv i atmosfæren kan også forårsage variationer i atmosfærisk CO2. Støv kan fungere som katalysator for kemiske reaktioner, der fjerner CO2 fra atmosfæren. Under istider er der mere støv i atmosfæren, hvilket kan forklare, hvorfor CO2-niveauet er lavere.
De præcise mekanismer, der får CO2-niveauerne til at variere under istider, er stadig et emne for videnskabelig forskning. Det fremgår dog tydeligt af iskernedata, at disse udsving forekommer regelmæssigt, og at de er forbundet med ændringer i Jordens klima.