Derudover kan mange grundstoffer eksistere i forskellige former kaldet allotroper. For eksempel kan kulstof eksistere som grafit, diamant og fulleren. Disse allotroper har forskellige fysiske og kemiske egenskaber, hvilket kan føre til endnu mere diversitet i de stoffer, der kan dannes.
Endelig kan vekselvirkningerne mellem molekyler og atomer også føre til dannelse af nye stoffer. For eksempel, når vandmolekyler interagerer med kuldioxid, kan de danne kulsyre. Denne reaktion er ansvarlig for boblerne i kulsyreholdige drikkevarer.