Udtrykket "proton" blev først introduceret af fysiker Ernest Rutherford i 1920, efter hans eksperimenter med spredning af alfapartikler af nitrogenatomer. Rutherfords eksperimenter gav bevis for eksistensen af en lille, positivt ladet kerne i atomer, og han foreslog navnet "proton" for denne positivt ladede partikel. Udtrykket "proton" er afledt af det græske ord "protos", som betyder "første" eller "primær", hvilket afspejler dets rolle som en grundlæggende byggesten i stof.