I modsætning hertil er polære molekyler molekyler, der har en netto elektrisk ladning. Vandmolekylerne er for eksempel polære molekyler, fordi de er sammensat af oxygen- og brintatomer, som har forskellige elektronegativiteter. Som et resultat har vandmolekylerne en positiv ende og en negativ ende. Dette betyder, at vandmolekylerne tiltrækkes af hinanden og ikke opløses i upolære molekyler som fedtstoffer og chloroform.