Nogle isomerer, herunder forgrenede alkaner, kan dog have lavere kogepunkter sammenlignet med deres ligekædede modstykker på grund af forskelle i molekylær struktur og intermolekylære kræfter. Forgrenede alkaner har en mere kompakt form og svagere intermolekylære kræfter, hvilket fører til lavere kogepunkter end ligekædede alkaner med sammenlignelig molekylvægt.