Protoner: 42
Neutroner: 56
Elektroner: 42
Hvert molybdænatom har 42 protoner i sin kerne, hvilket giver det en positiv ladning på +42. For at opretholde elektrisk neutralitet har et neutralt molybdænatom også 42 elektroner, der kredser om sin kerne. Antallet af neutroner kan variere, hvilket giver anledning til forskellige isotoper af molybdæn. Den mest almindelige isotop er molybdæn-98 (Mo-98), som har 56 neutroner.