Hvorfor bruges alkaliske forhold i elektroforese?

Alkaliske forhold (typisk omkring pH 8,0 til 9,5) foretrækkes i elektroforese til adskillelse af DNA-fragmenter, fordi de forbedrer opløsningen og adskillelsen af ​​DNA-molekyler. Ved alkalisk pH bliver DNA-rygraden mere negativt ladet på grund af deprotoneringen af ​​fosfatgrupperne. Denne øgede negative ladning øger den elektroforetiske mobilitet af DNA-molekyler, hvilket muliggør bedre adskillelse baseret på størrelse.

2. Enkeltstrenget DNA:

Alkaliske forhold fremmer denatureringen af ​​dobbeltstrenget DNA til enkeltstrenget DNA. Enkeltstrengede DNA-molekyler har en mere ensartet form og størrelse sammenlignet med dobbeltstrenget DNA, hvilket letter deres adskillelse under elektroforese.

3. Gelstabilitet:

Alkaliske buffere bidrager til stabiliteten af ​​agarosegeler, der anvendes i elektroforese. Agarosegeler har en tendens til at smelte ved højere temperaturer, og alkaliske forhold hjælper med at bevare deres integritet under elektroforesekørsel, hvilket forhindrer geldeformation.

4. Ethidiumbromidbinding:

Ethidiumbromid er et almindeligt anvendt fluorescerende farvestof til visualisering af DNA i elektroforesegeler. Under alkaliske forhold binder ethidiumbromid sig mere effektivt til enkeltstrenget DNA, hvilket øger fluorescensintensiteten og gør DNA-bånd mere synlige.

5. Forebyggelse af DNA-fragmentering:

Alkaliske forhold minimerer aktiviteten af ​​DNaser, som er enzymer, der kan nedbryde DNA. Den høje pH-værdi hæmmer aktiviteten af ​​disse enzymer og bevarer integriteten af ​​DNA-fragmenter under elektroforese.

Generelt giver alkaliske forhold i elektroforese bedre opløsning, forbedret DNA-separation, gelstabilitet, forbedret ethidiumbromidbinding og beskyttelse mod DNA-nedbrydning, hvilket gør dem til det foretrukne valg til DNA-analyse og separationsteknikker.