Under citronsyrecyklussen fjernes to kulstofatomer som kuldioxid (CO2), som er et affaldsprodukt fra cellulær respiration. Hver acetyl CoA, som kommer ind i citronsyrecyklussen, bærer to carbonatomer. I løbet af en omdrejning af cyklussen frigives to molekyler CO2. De bærer de kulstofatomer, der kom ind i acetyl CoA, og dem, der oprindeligt var dele af andre komponenter i citratmolekylet.