* obligationsstyrke: Peptidbindingerne i proteiner er relativt stærke og kræver betydelig energi til at bryde. I modsætning hertil er phosphodiesterbindingerne i nukleinsyrer svagere og mere modtagelige for hydrolyse.
* struktur: Proteiner har en mere kompakt og stabil tredimensionel struktur, der beskytter peptidbindingerne mod angreb fra syre. Nukleinsyrer har på den anden side en mere åben og fleksibel struktur, hvilket gør deres phosphodiester -bindinger mere tilgængelige for hydrolyse.
* følsomhed over for pH: Proteiner kan tolerere et bredere interval af pH -værdier end nukleinsyrer. Mens begge molekyler er følsomme over for ekstreme pH -tilstande, er nukleinsyrer især sårbare over for nedbrydning ved lav pH (sure forhold). Dette skyldes, at det sure miljø kan protonere fosfatgrupperne i nukleinsyrer, hvilket gør dem mere modtagelige for hydrolyse.
Kortfattet: Proteiner er mere resistente over for syrehydrolyse end nukleinsyrer på grund af de stærkere peptidbindinger, mere stabil struktur og højere tolerance for sure miljøer.