Metoden kunne forbedre SARS-CoV-2-testning i forskellige spildevandssystemer

Med det formål at bidrage til et overvågnings- eller tidlig varslingssystem for pandemispredning gennem en given region, et svensk forskerteam har angiveligt optimeret en metode til at koncentrere SARS-CoV-2 partikler i kommunale spildevandsanlæg.

Efter sammenligning med andre standardteknikker, forskerne konkluderede, at den optimerede metode, som er udviklet på KTH Kgl. adresserer to udfordringer ved måling af coronavirus-niveauer i spildevand:at der findes væsentlige forskelle i spildevand indsamlet i forskellige dele af verden, og at viruspartikler bliver stærkt fortyndet i spildevand.

Forskerne rapporterede også, at ved at anvende metoden, deres målinger af coronavirus i Stockholms spildevand i løbet af de sidste fem måneder har været i overensstemmelse med infektionsdata indsamlet af offentlige sundhedsmyndigheder gennem individuelle test.

Spildevandsbaseret epidemiologi kan være et omkostningseffektivt alternativ til at teste store populationer for SARS-CoV-2-virus, og det har potentiale til at blive brugt som et tidligt varslingssystem for pandemiens spredning, siger Hakim Jafferali, en forsker med Science for Life Laboratory på KTH (SciLifeLab). "Så, et pålideligt detektionssystem kræver en valideret metode – og en passende referencevirus – for at koncentreret SARS-CoV-2-virus er klar til yderligere behandling og analyse, " han siger.

Teknikken udgivet i Videnskab om det samlede miljø er en ændring af en eksisterende ultrafiltreringsmetode. Flere af standardmetoderne til at koncentrere virussen i spildevand blev sammenlignet, ved hjælp af prøver af spildevand fra Sverige og Norditalien. Med henblik på evaluering, forskerne tilføjede en tilsvarende bovin coronavirus fra samme slægt som SARS-CoV-2, som ekstern reference. Pepper mild mottle virus (PMMV), som er en indikator for fækal forurening i spildevandssystemer, viste sig at være en pålidelig intern referencevirus.

Jafferali siger, at en ultrafiltreringsbaseret teknik konsekvent viste sig at være mest følsom med ændringer som fordobling af antallet af gange, prøverne centrifugeres. Metoden er parret med laboratorieteknikken i realtid, kvalitativ polymerasekædereaktion (qPCR), som overvåger amplifikationen af ​​et målrettet DNA -molekyle under PCR, ikke ved sin ende, som i konventionel PCR. Undersøgelsen blev udført på KTH og SciLifeLab.