Mens skaldede ørne er kendt for at have forskellige diæter, er der ingen beviser for, at de forgriber sig på præriehunde. Forskere har grundigt undersøgt skaldet ørnes spisevaner og har dokumenteret deres forbrug af forskellige fiskearter, vandfugle, små pattedyr og ådsler. Præriehunde er på den anden side primært planteædende og danner sociale kolonier i græsarealer og buskadser. Mens de kan blive ofre for rovdyr som prærieulve, ulve og ørne, er skaldede ørne ikke almindeligvis forbundet med jagt på præriehunde.