Darwin var ikke klar over genernes rolle i arvelighed. Han mente, at egenskaber blev videregivet gennem en proces kaldet "gemmules", som var små partikler, som man troede var båret i blodet.
2. DNA
Darwin kendte ikke til DNA, det molekyle, der bærer genetisk information. DNA blev først opdaget i det 20. århundrede.
3. Mutationer
Darwin kendte ikke til mutationer, de tilfældige ændringer, der sker i DNA. Mutationer er kilden til genetisk variation, som er afgørende for evolutionen.
4. Naturlig udvælgelse
Darwins teori om evolution ved naturlig selektion var baseret på ideen om, at organismer, der er bedre tilpasset deres miljø, er mere tilbøjelige til at overleve og formere sig. Darwin forstod dog ikke fuldt ud mekanismerne bag naturlig udvælgelse. Han kendte ikke til den rolle, genetisk variation spiller i naturlig selektion, eller om betydningen af populationsgenetik.
5. Fossiloptegnelsen
Darwins evolutionsteori var også baseret på fossiler. Imidlertid var fossiloptegnelsen ufuldstændig på Darwins tid, og han havde ikke adgang til mange af de fossiler, vi har i dag.
6. Livets oprindelse
Darwin behandlede ikke spørgsmålet om livets oprindelse. Han mente, at liv opstod spontant fra uorganisk stof. Denne idé var populær på Darwins tid, men den er siden blevet miskrediteret.
7. Menneskets udvikling
Darwins evolutionsteori omfattede mennesker, men han skrev ikke meget om menneskets evolution. Han troede, at mennesker havde udviklet sig fra en fælles forfader med aber, men han kendte ikke til detaljerne i menneskets evolution.
8. Miljøets rolle
Darwin mente, at miljøet spillede en rolle i evolutionen, men han forstod ikke fuldt ud de mekanismer, hvorved miljøet påvirker evolutionen. Han kendte ikke til epigenetiks rolle, ændringerne i genekspression, der er forårsaget af miljøfaktorer.
9. Udviklingens hastighed
Darwin mente, at evolutionen skete gradvist over lange perioder. Han kendte dog ikke til, hvilken rolle punktueret ligevægt spiller, teorien om, at evolution kan forekomme i hurtige udbrud.
10. Udryddelsen af arter
Darwin forstod ikke fuldt ud årsagerne til udryddelse. Han mente, at udryddelse var en naturlig proces, men han vidste ikke om menneskelig aktivitets rolle i udryddelse.