* genetisk arv: Darwin forstod ikke arvemekanismen. Han vidste, at træk blev overført fra forældre til afkom, men han vidste ikke hvordan. Dette blev senere forklaret af Gregor Mendels arbejde med genetik.
* DNA som bærer for genetisk information: Darwin var uvidende om eksistensen af DNA. Opdagelsen af DNA som molekyle, der var ansvarlig for at bære genetisk information, kom meget senere.
* mutationer som kilden til variation: Darwin erkendte, at variationer eksisterede inden for populationer, men han forstod ikke, hvordan disse variationer opstod. Mutationer, som er ændringer i DNA -sekvensen, forstås nu som den primære kilde til nye variationer.
* punkteret ligevægt: Denne teori, foreslået af Stephen Jay Gould og Niles Eldredge, antyder, at evolution sker i bursts af hurtig forandring, der er ispedd lange perioder med stabilitet. Darwins teori understregede på den anden side gradvis ændring over tid.
Det er vigtigt at huske, at Darwins teori var baseret på den tilgængelige viden i hans tid. Efterhånden som videnskaben er kommet frem, er vores forståelse af evolutionen blevet mere sofistikeret, inkorporeret nye principper og udvidelse af Darwins originale ideer.