De fleste molekyler fundet i kæmpe molekylære skyer er ikke baseret på silicium. I stedet er de primært sammensat af brint og helium, efterfulgt af forskellige andre elementer såsom oxygen, kulstof, nitrogen og svovl. Siliciumbaserede molekyler er relativt sjældne i universet og findes typisk i små mængder i visse typer stjerner og planeter.