Ny online database bringer genomet i fokus ved hjælp af molekylær struktur

Iowa State University-forskere har bygget en tilgængelig onlinedatabase, der bringer kritiske genomiske data i skarpt fokus med et enkelt klik med musen.

I en artikel offentliggjort i dag i tidsskriftet Videnskabelige rapporter , et team af forskere fra Iowa State University præsenterede en ny database, der giver forskere mulighed for hurtigt at få adgang til oplysninger om RNA -strukturer, der er kodet inden for det menneskelige genom. Databasen er frit tilgængelig for alle på nettet, hvor det giver forskere mulighed for at studere RNA's funktioner og struktur med større hastighed og lethed end tidligere. Dette vil hjælpe med at lette grundforskningen i menneskelig biologi og kan bane vejen for nye medicinske behandlinger, der er rettet mod RNA, sagde Walter Moss, en assisterende professor i Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biofysik og molekylærbiologi.

RNA'er, forkortelse for ribonukleinsyrer, er molekylære kæder, der transskriberes, eller kopieret, fra genomet. RNA'er kan være informationsbærere, fungerer som mellemled mellem DNA og protein, eller som uafhængigt fungerende molekyler, der formidler mange kritiske reguleringsprocesser. I modsætning til DNA, RNA kan "folde tilbage" på sig selv for at danne strukturer, der konkurrerer med proteiner i deres kompleksitet. Denne foldning spiller nøgleroller i RNA-funktion, så at opnå strukturel information om RNA kan give vigtig indsigt i vores forståelse af, hvordan organismer fungerer, Sagde Moss.

"RNA er grundlæggende for at forstå biologi, og fremskridt inden for sekventeringsteknologi har ført til en eksplosion på listen over potentielt funktionelle RNA'er, " han sagde.

For eksempel, mens kun omkring 2 procent af de 3,5 milliarder basepar af humant DNA koder proteiner, mere end 70 procent transskriberes til RNA. At forstå funktionerne i dette hav af ukendt RNA udgør en vigtig videnskabelig udfordring, og den nye database giver vigtige værktøjer til kortlægning af den, Sagde Moss.

Mos, sammen med kandidatstuderende Ryan Andrews og forsknings-IT-direktør Levi Baber, fragmenterede hele det menneskelige genom i mere end 154 millioner overlappende vinduer og beregnede en række målinger, der var værdifulde til at forstå, hvordan RNA folder.

"Alle i hele verden kan nu med et enkelt klik hente det, der engang tog timers beregninger at bestemme, "Sagde Andrews.

RNA -terapi, en ny tilgang inden for medicin, hvor RNA er målrettet mod lægemidler frem for proteiner, vis stort løfte, og den strukturelle database, der er beskrevet i publikationen, giver et enormt lager af potentielle terapeutiske kundeemner, sagde Moss.