Antibiotika bruges typisk ikke til at beskytte æbler mod brandskimmel. I stedet kan baktericider som streptomycin eller oxytetracyclin bruges. Der er en risiko for, at disse forbindelser ødelægger mikrober i træets mikrobiom. Der er dog behov for mere forskning for at forstå den fulde effekt af baktericider på æblemikrobiomet.