Der er dog to vigtige problemer med denne traditionelle teori:
1- De fossile beviser viser, at komplekst liv ikke blev dannet på denne måde. Organismer dukker pludselig op i fossiloptegnelsen - allerede komplekse.
2- Darwinistisk konkurrence mellem arter kunne ikke have været den eneste drivkraft for udviklingen af kompleksitet, da det var konkurrence inden for arter - såvel som samarbejdet mellem deres celler - der lettede kompleksitetsudviklingen.
En indefra-ud-teori om kompleksitetsudvikling overvinder disse problemer.
Ideen om en "inside-out"-evolution af biologisk kompleksitet antyder, at genomerne selv kan gennemgå kompleksitetsudvikling.
Det involverer konkurrence og samarbejde mellem egoistiske genetiske elementer i genomet snarere end mellem arter.
For eksempel transposoner er gentagne DNA-sekvenser, der kan bevæge sig rundt i et genom. Transposoner kan give gavnlige og skadelige effekter på genomet, hvilket bidrager til evolutionen.
Derudover er genomer komplekse systemer, der selvorganiserer og skaber nye genetiske og epigenetiske ændringer. Disse ændringer giver anledning til nye fænotyper, som kan gennemgå naturlig selektion på organismeniveau. Denne inside-out-mekanisme tilbyder en mere omfattende forklaring på den evolutionære oprindelse af komplekse biologiske systemer.