Samling af transkriptomet af et skadeligt ukrudt:Nye ressourcer til at studere, hvordan planter invaderer

Forfattere:

* John Smith

* Jane Doe

* Michael Jones

Tilknytninger:

* Institut for Plantebiologi, University of California, Davis

* Institut for Økologi og Evolutionær Biologi, University of Arizona

Abstrakt:

Invasive planter er en stor trussel mod naturlige økosystemer verden over. De kan udkonkurrere indfødte planter om ressourcer, såsom vand og sollys, og kan også ændre jordens kemi og hydrologi i et område. Dette kan have en ødelæggende indvirkning på de oprindelige plantesamfund og de dyr, der er afhængige af dem.

En af de nøglefaktorer, der gør det muligt for invasive planter at få succes, er deres evne til at tilpasse sig nye miljøer. Dette skyldes ofte ændringer i genekspression, som kan føre til ændringer i planteegenskaber, såsom væksthastighed, bladstørrelse og rodstruktur.

For at forstå, hvordan invasive planter tilpasser sig nye miljøer, er vi nødt til at have en detaljeret forståelse af deres transkriptom. Transkriptomet er samlingen af ​​alle RNA-molekyler, der produceres af en celle. Ved at studere transkriptomet kan vi identificere de gener, der bliver udtrykt, og hvordan deres udtryk ændres som reaktion på forskellige miljøforhold.

I denne undersøgelse samlede vi transkriptomet af et skadeligt ukrudt, _Centaurea maculosa_. _C. maculosa_ er hjemmehørende i Europa og Asien, der er blevet invasiv i Nordamerika. Den er en stor trussel mod indfødte plantesamfund i det vestlige USA, hvor den kan danne tætte bevoksninger, der udelukker andre planter.

Vi brugte en kombination af RNA-seq og de novo-samling til at generere en højkvalitets transkriptomsamling til _C. maculosa_. Forsamlingen indeholder over 100.000 transskriptioner, som repræsenterer langt størstedelen af ​​de gener, der udtrykkes af planten.

Vi udførte også en differentiel genekspressionsanalyse for at identificere de gener, der er differentielt udtrykt mellem _C. maculosa_ planter, der blev dyrket i forskellige miljøer. Vi fandt ud af, at en række gener blev udtrykt forskelligt mellem planter, der blev dyrket i en fælles have, og planter, der blev dyrket i markmiljøer. Disse gener er sandsynligvis involveret i plantens reaktion på forskellige miljøforhold.

Transkriptomsamlingen og differentiel genekspressionsanalyse, som vi har genereret i denne undersøgelse, giver værdifulde nye ressourcer til at studere, hvordan _C. maculosa_ og andre invasive planter tilpasser sig nye miljøer. Disse ressourcer vil hjælpe os med at forstå de mekanismer, der gør det muligt for invasive planter at få succes og udvikle nye strategier til at kontrollere deres spredning.

Søgeord:

* Transkriptomsamling

* Genekspression

* Invasive planter

* _Centaurea maculosa_