Denne brunfarvning er forårsaget af oxidation af phenoliske forbindelser i pærens kød. Fenolforbindelser er naturligt forekommende plantepigmenter, der er ansvarlige for farven på mange frugter og grøntsager. Når disse forbindelser udsættes for ilt, gennemgår de kemiske ændringer, der resulterer i dannelsen af brune pigmenter.
Den hastighed, hvormed pærer modnes og udvikler brune pletter, påvirkes af flere faktorer, herunder kultivaren, modenhedsstadiet ved høst, opbevaringsforhold og ethyleneksponering. Pærer, der høstes på et mere modent stadium, vil typisk modnes og udvikle brune pletter hurtigere end dem, der høstes på et mindre modent stadium. Højere opbevaringstemperaturer kan også fremskynde modningsprocessen og øge forekomsten af brune pletter. Derudover kan eksponering for ethylengas, som kan forekomme under transport eller opbevaring, også fremskynde modningen og forårsage brune pletter til at udvikle sig.
For at minimere udviklingen af brune pletter under kommerciel opbevaring opbevares pærer typisk ved lave temperaturer (normalt omkring 0°C eller 32°F) og under kontrollerede atmosfæreforhold, der begrænser koncentrationen af ethylen. Disse forhold hjælper med at bremse modningsprocessen og reducere forekomsten af brune pletter. Derudover kan pærer behandles med antibruningsmidler, såsom calciumchlorid eller ascorbinsyre, for at forhindre oxidation af phenolforbindelser og udvikling af brune pletter.
Det er vigtigt at bemærke, at nogle pæresorter er mere modtagelige for brunfarvning end andre. For eksempel er 'Bartlett'-pærer kendt for at være mere tilbøjelige til at blive brune end 'Anjou'-pærer. Derfor kan det være nødvendigt at justere opbevaringsbetingelserne og håndteringspraksis for at minimere brunfarvning i forskellige pærekultivarer.