1. Størrelse:Både vira og prokaryote celler er relativt små i størrelse. Prokaryote celler er typisk i intervallet 0,1 til 5 mikrometer (µm), mens vira kan være endnu mindre, hvor nogle varierer fra 0,02 til 0,3 µm.
2. Struktur:Prokaryote celler er karakteriseret ved en simpel cellulær struktur. De er sammensat af en cellemembran, cytoplasma og DNA (deoxyribonukleinsyre). Tilsvarende har vira en grundstruktur bestående af en proteinkappe, der omslutter det genetiske materiale, som enten kan være DNA eller RNA (Ribonukleinsyre).
3. Replikation:Både vira og prokaryote celler anvender lignende metoder til replikation. Virus replikerer ved at injicere deres genetiske materiale i værtsceller og bruge værtens cellulære maskineri til at producere kopier af de virale komponenter. Tilsvarende formerer prokaryote celler sig gennem binær fission, hvor modercellen opdeles i to identiske datterceller.
4. Genetisk materiale:Mens vira kan indeholde enten DNA eller RNA som deres genetiske materiale, bruger nogle typer prokaryote celler, såsom bakterier, udelukkende DNA som deres genetiske materiale. Disse celler organiserer deres DNA i cirkulære kromosomer placeret i cytoplasmaet.
5. Mangel på indre membraner:I modsætning til eukaryote celler har hverken vira eller prokaryote celler interne membranbundne organeller såsom mitokondrier eller kloroplaster. Imidlertid kan prokaryote celler have rudimentære membranstrukturer kaldet mesosomer, som er involveret i cellulære processer som respiration.
Det er vigtigt at bemærke, at vira ikke betragtes som levende organismer på samme måde som prokaryote celler eller eukaryote celler. Virus er obligatoriske intracellulære parasitter, hvilket betyder, at de kun kan formere sig inde i de levende celler i andre organismer. På den anden side er prokaryote celler, som bakterier og archaea, uafhængige, selvbærende organismer, der er i stand til at reproducere og udføre vitale funktioner på egen hånd.