Det første, forskere skal gøre for at manipulere DNA, er at udvinde det fra cellen. Dette kan gøres ved at bruge en række forskellige metoder, såsom phenol-chloroform-ekstraktion, udsaltning eller ved hjælp af et DNA-ekstraktionssæt. Når først DNA'et er blevet ekstraheret, kan det derefter bruges til en række forskellige formål, såsom PCR-amplifikation, restriktionsenzymfordøjelse eller genkloning.