* struktur: Puriner (adenin og guanin) har en dobbelt ringstruktur, mens pyrimidiner (cytosin og thymin) har en enkelt ringstruktur.
* Hydrogenbinding: De specifikke former af puriner og pyrimidiner giver dem mulighed for at danne stabile brintbindinger med hinanden. Adenin (A) danner to hydrogenbindinger med thymin (T), og guanin (G) danner tre hydrogenbindinger med cytosin (C).
* plads: Hvis to puriner forsøgte at parre, ville de være for voluminøse og ville ikke passe inden for den dobbelte helixstruktur af DNA.
Derfor kan puriner kun parre sig med pyrimidiner i DNA og RNA. Dette er kendt som Chargaffs regel , der siger, at mængden af adenin altid er lig med mængden af thymin, og mængden af guanin er altid lig med mængden af cytosin.