Det er dog vigtigt at bemærke, at klassificeringen af organismer i kongeriger konstant udvikler sig. Moderne klassificeringssystemer placerer ofte prokaryoter i to separate domæner:
* bakterier: Dette er ægte bakterier, en forskelligartet gruppe af enkeltcellede organismer.
* archaea: Dette er enkeltcellede organismer, der ofte findes i ekstreme miljøer og har unikke biokemiske egenskaber.
Mens Monera Kingdom er en traditionel klassificering, accepteres domænesystemet mere bredt i dag.