Et af hovedargumenterne mod den traditionelle opfattelse af _Archaeopteryx_ som en direkte forfader til fugle er, at den mangler nogle af de nøgletræk, der er karakteristiske for moderne fugle. For eksempel har _Archaeopteryx_ en lang knoglehale, hvorimod moderne fugle har korte, pygostylede haler. _Archaeopteryx_ har også tre fingre på hver vinge, hvorimod moderne fugle kun har to.
Et andet argument mod den traditionelle opfattelse af _Archaeopteryx_ er, at den er fundet i samme geologiske formation som _Compsognathus_, en lille, kødædende dinosaur, der ikke er nært beslægtet med fugle. Dette tyder på, at _Archaeopteryx_ kan have levet sammen med dinosaurer, snarere end at være en direkte forfader til fugle.
På trods af disse udfordringer forbliver den systematiske position af _Archaeopteryx_ et spørgsmål om debat. Nogle videnskabsmænd mener stadig, at _Archaeopteryx_ er et overgangsfossil mellem dinosaurer og fugle, mens andre mener, at det er en nær slægtning til dinosaurerne _Deinonychus_ og _Velociraptor_. Yderligere forskning er nødvendig for at løse denne debat.