En neutral gruppe af atomer, der holdes sammen af kovalente bindinger, kaldes et molekyle. Molekyler er de grundlæggende enheder af kemiske forbindelser og er sammensat af to eller flere atomer, der deler elektroner for at danne en stabil konfiguration. Delingen af elektroner mellem atomer skaber kemiske bindinger, som holder atomerne sammen og bestemmer molekylets egenskaber.